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DBGET 利用法

BLASTの使用方法

BLAST ディストリビューションには以下のような実行プログラムがあります。

blastall

BLAST サーチを以下の５つの BLAST プログラムのうちの１つを使って実行します。
blastp, blastn, blastx, tblastn, tblastx

blastpgp

PSI-BLAST もしくは PHI-BLAST モードでサーチを行います。

bl2seq

２つのシークエンスのローカルアライメントを行います。

formatdb

FASTA フォーマットのファイルのシークエンスデータベースを BLAST データベースに変換します。

blastall コマンドの主なオプション

[-p]

以下の 5 つの BLAST プログラムのうち 1 つを指定します

プログラム	問い合わせ配列	データベース
blastn	塩基配列	塩基配列
blastp	アミノ酸配列	アミノ酸配列
tblastn	アミノ酸配列	塩基配列（翻訳しながら比較）
blastx	塩基配列（翻訳後比較）	アミノ酸配列
tblastx	塩基配列（翻訳後比較）	塩基配列（翻訳しながら比較）

[-d]

データベース名。

[-i]

クエリーシークエンスのファイル名。

[-o]

出力ファイル名。デフォルト：標準出力

[-a]

並列実行数

<使用例>

gomoku% bget -f up:AHSP_BOVIN > input.fasta
gomoku% blastall -p blastp -d nr-aa -i input.fasta -o blast.out -a 8
gomoku% less blast.out
BLASTP 2.2.10 [Oct-19-2004]


Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein
(Erythroid associated factor). (92)
(92 letters)

Database: nr-aa : Non-redundant protein sequence database Release
05-04-13
1,931,858 sequences; 627,445,769 total letters

Searching..................................................done

Score E
Sequences producing significant alignments: (bits) Value

up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Ery... 182 2e-45
gp:AY072612_1 [AY072612] EDRF [Homo sapiens] 137 6e-32
up:AHSP_HUMAN [Q9NZD4] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Ery... 137 8e-32
up:AHSP_MOUSE [Q9CY02] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Ery... 130 8e-30
gp:AX971749_1 [AX971749] Sequence 2552 from Patent EP1104808. [H... 117 5e-26
gp:AF317803_1 [AF317803] erythroid association factor [Bos taurus] 107 7e-23
<以下省略>

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FASTA/SSEARCHの使用方法

プログラム	問い合わせ配列	データベース
fasta	塩基配列	塩基配列
fasta	アミノ酸配列	アミノ酸配列
tfasta	アミノ酸配列	塩基配列（翻訳しながら比較）
ssearch	塩基配列	塩基配列
ssearch	アミノ酸配列	アミノ酸配列

主なオプション

[-T]

並列実行数

[-q]

非対話形式

<使用例 (1)>

gomoku% bget -f up:AHSP_BOVIN > input.fasta
gomoku% fasta -q input.fasta /bio/db/blast/db/nr-aa > fasta.out &

<使用例 (2)>

gomoku% fasta_t -T 8 -q input.fasta /bio/db/blast/db/nr-aa > fasta_t.out &
gomoku% less fasta_t.out
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
version 3.4t25 Nov 12, 2004
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query library input.fasta vs /bio/db/blast/db/nr-aa library
searching /bio/db/blast/db/nr-aa library

1>>>up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor). (92) - 92 aa
vs /bio/db/blast/db/nr-aa library
<以下省略>

<使用例 (3)>

gomoku% ssearch_t -T 8 -q input.fasta /bio/db/blast/db/nr-aa > ssearch_t.out &
gomoku% less ssearch_t.out
# ssearch_t -T 8 -q input.fasta /bio/db/blast/db/nr-aa
SSEARCH searches a sequence data bank
version 3.4t25 Nov 12, 2004
Please cite:
T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197;
W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650

Query library input.fasta vs /bio/db/blast/db/nr-aa library
searching /bio/db/blast/db/nr-aa library

1>>>up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor). (92) - 92 aa
vs /bio/db/blast/db/nr-aa library
<以下省略>

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ClustalWの使用方法

累進法を用いたマルチプルアライメントプログラム。

オプション

-INFILE=<input sequences>

複数のアミノ酸配列が登録されたファイルを指定

-OUTPUT=<format>

出力形式を指定 (GCG, GDE, PHYLIP, PIR, NEXUS)

<使用例>

gomoku% bfind uniprot globin | head -50 | bget -f > globin50.fasta gomoku% less globin50.fasta >up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor). (92) MALIQTNKDLISKGIKEFNILLNQQVFSDPAISEEAMVTVVNDWVSFYINYYKKQLSGEQ DEQDKALQEFRQELNTLSASFLDKYRNFLKSS >up:AHSP_HUMAN [Q9NZD4] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor) (Erythroid differentiation-related factor). (102) MALLKANKDLISAGLKEFSVLLNQQVFNDPLVSEEDMVTVVEDWMNFYINYYRQQVTGEP QERDKALQELRQELNTLANPFLAKYRDFLKSHELPSHPPPSS >up:AHSP_MOUSE [Q9CY02] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor) (Erythroid differentiation-related factor). (102) MAPFQSNKDLISTGIKEFNVLLDQQVFDDPLISEEDMVIVVHDWVNLYTNYYKKLVHGEQ EEQDRAMTEFQQELSTLGSQFLAKYRTFLKSKEPPSNTLPSS >up:BAHG_VITST [P04252] Bacterial hemoglobin (Soluble cytochrome O). (146) MLDQQTINIIKATVPVLKEHGVTITTTFYKNLFAKHPEVRPLFDMGRQESLEQPKALAMT

<以下省略>

gomoku% clustalw -INFILE=globin50.fasta -OUTPUT=GCG
globin50.msf globin50.dnd

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HMMERの使用方法

隠れマルコフモデルを用いたアライメントプログラム

hmmbuild

HMM のプロファイルを生成

hmmcalibrate

HMM のプロファイルを較正する

hmmsearch

HMM のプロファイルを読み類似した配列を検索する

hmmpfam

クエリーシークエンスでプロフィール HMM データベースを検索する

<使用例>

a. DBGET の bfind コマンドと bget コマンドを使用し、uniprot データベースからヘモグロビンのアミノ酸配列を検索し、fasta 形式で globin50.fasta ファイルに出力します。 gomoku% bfind uniprot globin | head -50 | bget -f > globin50.fasta b. アミノ酸配列のアライメントを生成します gomoku% clustalw -INFILE=globin50.fasta -OUTPUT=GCG
globin50.msf globin50.dnd c. HMM のプロファイルを生成します gomoku% hmmbuild globin.hmm globin50.msf d. HMM のプロファイルを較正します gomoku% hmmcalibrate globin.hmm e. HMM のプロファイルを読み類似した配列を検索します gomoku% hmmsearch globin.hmm nr-aa > hmmsearch.out

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