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スーパーコンピュータ

ミラーデータベース利用法

GenBank、 EMBL、 RefSeq 等の主要な生物系データベースの最新版を取得し、ミラーデータベースとして設置しています。これによりインターネットを経由してデータを取得することなく、各データベースに高速にアクセスすることができます。各データベースはそれぞれ、FLAT 形式、FASTA 形式、BLAST 検索が可能な形式で設置していますので、用途にあわせてご利用ください。

最終更新日: 2010 年 3 月 24 日

NCBI-nt 等の更新間隔を追記しました。

スパコン上でご利用頂ける各種 DB について記しています。
GenBank-UPD、 EMBL-UPD、 RefSeq-UPD は毎日更新しています。
UniProt、 PROSITE は毎週木曜日、PDB は毎週土曜日に更新しています。
NCBI-nt、 NCBI-nr、 NCBI-dbEST、 NCBI-dbGSS、 NCBI-HTGS、 NCBI-STS、 NCBI-patnt、 NCBI-WGS は毎週月曜日に更新しています。
上記以外の DB においては、新リリース公開にあわせて更新を行なっています。 dbinfo コマンドにてご確認ください。 % dbinfo
BLAST 検索時の検索対象 DB として、エイリアスファイルを指定することで、複数の BLAST ファイルを対象とした検索を行なうことができます。 % /usr/local/package/blast+/current/bin/blastn -db /usr/local/db/blast/genbank-upd/genbank -query ~/query 上記のようにコマンドを実行すると、GenBank リリースの全ファイルと、
全アップデートファイルを対象とした検索が実行されます。
(エイリアスファイルの拡張子は省略する必要があります)
検索対象となる DB と、エイリアスファイルのパスの確認の際には以下の表をご参照ください。
検索対象となる DB エイリアスファイルのパス
GenBank リリースの全ファイル/usr/local/db/blast/genbank/genbank-rel.nal
GenBank リリース + アップデート/usr/local/db/blast/genbank-upd/genbank.nal
GenPept リリース + アップデート/usr/local/db/blast/genpept-upd/genpept.pal
EMBL リリースの全ファイル/usr/local/db/blast/embl/embl-rel.nal
EMBL リリース + アップデート/usr/local/db/blast/embl-upd/embl.nal
RefSeq-Genomic + RefSeq-RNA/usr/local/db/blast/refseq/refseq-na-rel.nal
RefSeq リリース + アップデート
Genomic + RNA
/usr/local/db/blast/refseq-upd/refseq.nal
RefSeq リリース + アップデート
Protein
/usr/local/db/blast/refseq-upd/refseq.pal
Swissprot + TrEMBL/usr/local/db/blast/uniprot/uniprot.pal
NCBI nt + EST + GSS + HTGS + STS + patnt + WGS/usr/local/db/blast/ncbi/ncbi.nal
  • 各 DB ファイルの設置パス、および詳細に関しては以下の表をご参照ください。
    (例) GenBank の blast 形式のファイルの設置パス: /usr/local/db/blast/genbank/以下
    DB 名パス (/usr/local/db/)設置されているファイルの詳細
    (圧縮ファイルは解凍し設置)
    GenBankflat/genbank/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/以下の*.seq ファイル
    fasta/上記を FASTA 形式に変換したもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    GenBank-UPDflat/genbank-upd/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/daily-nc/以下の全ファイル
    fasta/上記ファイルの内*.flat を FASTA 形式に変換したもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    GenPept-genpept/-
    fasta/GenBank の seq ファイル内の翻訳可能なエントリを翻訳し、FASTA 形式に変換したもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    GenPept-UPD-genpept-upd/-
    fasta/GenBank-UPD の*.flat ファイル内の翻訳可能なエントリを翻訳し、FASTA 形式に変換したもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    EMBLflat/embl/ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/release/以下の*.dat ファイル
    fasta/上記を FASTA 形式に変換したもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    EMBL-UPDflat/embl-upd/ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/new/以下の全ファイル
    fasta/上記ファイルの内、r*.dat を FASTA 形式に変換したものの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    RefSeq-Genomicflat/refseq/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/以下の全ファイル
    fasta//usr/local/db/flat/refseq/以下の各ディレクトリに含まれる*.genomic.fna をそれぞれ統合したファイル
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    RefSeq-RNAflat/refseq/RefSeq-Genomic と同様
    fasta//usr/local/db/flat/refseq/以下の各ディレクトリに含まれる*.rna.fna をそれぞれ統合したファイル
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    RefSeq-Proteinflat/refseq/RefSeq-Genomic と同様
    fasta//usr/local/db/flat/refseq/以下の各ディレクトリに含まれる*.protein.faa をそれぞれ統合したファイル
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    RefSeq-UPD-NAflat/refseq-upd/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/daily/以下の全ファイル
    fasta//daily 以下の rsnc.*.*.fna を統合したファイル
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    RefSeq-UPD-AAflat/refseq-upd/RefSeq-UPD-NA と同様
    fasta//daily 以下の rsnc.*.*.faa を統合したファイル
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    UniProtflat/uniprot/ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/
    uniprot/knowledgebase/以下の全ファイル
    fasta/Swiss-Prot、TrEMBL の対象ファイル
    blast/Swiss-Prot、TrEMBL の対象ファイル
    Swiss-Prot
    (UniProt の一部として設置)
    flat/uniprot/UniProt と同様
    fasta/uniprot_sprot.fasta と uniprot_sprot_varsplic を flat/からコピーしたもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    TrEMBL
    (UniProt の一部として設置)
    flat/uniprot/UniProt と同様
    fasta/uniprot_trembl.fasta と uniprot_trembl_varsplic を flat/からコピーしたもの
    blast/上記 FASTA 形式のファイルを BLAST 検索の対象となるよう変換したもの
    NCBI-nt-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-nr-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-dbEST-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/est_*.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/est.*.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-dbGSS-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/gss.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/gss.*.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-HTGS-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/htgs.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/htgs.*.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-STS-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/sts.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/sts.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-patnt-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/patnt.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/patnt.tar.gz を解凍し設置
    NCBI-WGS-ncbi/-
    fasta/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/wgs.gz を解凍し設置
    blast/ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/wgs.*.tar.gz を解凍し設置
    PDBflat/pdb/ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/data/structures/
    divided/pdb/以下の全ファイル
    --
    --
    EPDflat/epd/ftp://ftp.epd.isb-sib.ch/epd/current/以下の全ファイル
    --
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    PROSITEflat/prosite/ftp://au.expasy.org/databases/prosite/
    release_with_updates/以下の全ファイル
    --
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    Pfamflat/pfam/ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/
    current_release/以下の全ファイル
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