スーパーコンピュータ
DBGET 利用法
DBGET は、世界中の主要な分子生物学関連データベースを統合的に検索するシステムです。各データベースはエントリーの集合と見なし、データベース名とエントリー名のペアで特定のデータベースの特定のエントリーにアクセスすることができます。
DBGET は、gomoku (SGI Origin3900T)で利用になることができます。
[主なコマンド]
bfind
指定されたデータベースのタイトル行から、与えられたキーワードにマッチするエントリーのリストを表示します。
Usage :
bfind [option] dbname expression <...>
Option :
-C Insist on the case sensitive search.
-W Indicates word matching.
- < 使用例>
gomoku% bfind uniprot globin
up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor). (92)
up:AHSP_HUMAN [Q9NZD4] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor) (Erythroid ...
up:AHSP_MOUSE [Q9CY02] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor) (Erythroid ...
up:BAHG_VITST [P04252] Bacterial hemoglobin (Soluble cytochrome O). (146)
< 以下省略>
※詳しくは、オンラインマニュアルを参照してください。
.bget
指定されたデータベースとエントリーの組から、そのエントリーを取り出します。
Usage :
bget [option] dbname identifier <...>
bget [option] dbname1:identifier1 <dbname2:identifier2 ...>
Option :
-f Print sequences by FASTA format.
- <使用例 (1)>
gomoku% bget up:AHSP_BOVIN
ID AHSP_BOVIN STANDARD; PRT; 92 AA.
AC Q865F8; Q9BDR6;
DT 25-OCT-2004 (Rel. 45, Created)
DT 25-OCT-2004 (Rel. 45, Last sequence update)
DT 25-OCT-2004 (Rel. 45, Last annotation update)
DE Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor).
GN Name=AHSP; Synonyms=ERAF;
OS Bos taurus (Bovine).
OC Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
OC Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia;
<以下省略>- <使用例 (2)>
gomoku% bget -f up:AHSP_BOVIN
>up:AHSP_BOVIN [Q865F8] Alpha-hemoglobin stabilizing protein (Erythroid associated factor). (92)
MALIQTNKDLISKGIKEFNILLNQQVFSDPAISEEAMVTVVNDWV
SFYINYYKKQLSGEQDEQDKALQEFRQELNTLSASFLDKYRNFLKSS
※詳しくは、オンラインマニュアルを参照してください。
.binfo
検索可能なデータベースの一覧とそれらのデータベースの更新状況を表示します。
Usage :
binfo [dbname | dbget | fasta | blast]
- <使用例>
gomoku% binfo
*** Last database updates ***
Date Database Release #Entries #Residues
-------- --------------- ---------------------- ----------- ---------------
05/04/08 nr-nt 05-04-07 (Apr 05) 50,105,885 86,599,911,459
05/04/07 nr-aa 05-04-07 (Apr 05) 1,919,541 621,833,059
05/02/24 genbank 146.0 (Feb 05) 42,734,478 46,849,831,226
05/04/07 genbank-upd 146.0+/04-07 (Apr 05) 2,187,253 4,420,861,803
05/04/08 refseq 10+/04-08 (Apr 05) 652,702 3,763,842,860
05/03/21 embl 82 (Mar 05) 49,071,130 85,134,714,382
05/04/08 embl-upd 82+/04-08 (Apr 05) 1,088,580 2,365,176,383
05/04/03 dbest 05-04-03 (Apr 05) 26,447,098 14,038,178,471
05/04/03 dbgss 05-04-03 (Apr 05) 11,252,460 6,902,678,764
05/04/03 dbsts 05-04-03 (Apr 05) 619,187 309,372,518
05/04/08 htgs 05-04-07 (Apr 05) 73,128 12,566,672,146
05/03/31 uniprot 4.4 (Mar 05) 1,825,667 580,330,476
05/03/31 swissprot 46.4 (Mar 05) 178,022 64,406,931
05/03/31 trembl 29.4 (Mar 05) 1,647,645 515,923,545
05/01/03 pir 80.00 (Dec 04) 283,416 96,212,201
05/02/24 genpept 146.0 (Feb 05) 2,564,648 796,155,280
05/04/08 genpept-upd 146.0+/04-07 (Apr 05) 223,571 75,609,642
05/04/08 refpept 10+/04-08 (Apr 05) 1,643,888 590,326,410
05/04/07 pdb 05-04-07 (Apr 05) 30,361 15,929,767
05/03/25 epd 82 (Mar 05) 4,810 76,960,000
05/03/30 prosite 18.48 (Mar 05) 1,817
05/03/30 prosdoc 18.48 (Mar 05) 1,336
05/03/23 pfam 17.0 (Mar 05) 7,868
05/03/23 rfam 7.0 (Mar 05) 503
05/04/08 omim 05-04-08 (Apr 05) 16,625
05/03/18 ensembl v29 (Mar 05) 139,577 21,769,683,065