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環境変数を設定して、ジョブを投入したい

ジョブの環境変数の設定は、投入するシェルスクリプトの種類に依存します。
csh スクリプトをジョブとして投入する際には、$HOME/.cshrc が読み込まれますが、Perl スクリプトをジョブとして投入する際には、$HOME/.cshrc は読み込まれません。
Perl スクリプト等を実行する際に、環境変数を設定するためには、-v オプションを使用します。 qsub -v LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH,PATH=$HOME/bin:$PATH ¥      -S /usr/local/bin/perl ¥      [Perl スクリプト名]
下記のように、Perl スクリプト内に UGE オプションを記述することもできます。 #!/usr/local/bin/perl #$ -S /usr/local/bin/perl #$ -v LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH,PATH=$HOME/bin:$PATH

R を実行したい

バッチモードで R を実行することで、R を UGE で実行できます。
まず、以下のような R コマンドを含むテキストファイルを作成してください。 ファイル名:/home/[userID]/r_batch.R

x <- matrix(1:12,3,4)
x
R をバッチモードで実行するシェルスクリプトを作成します。 ファイル名:/home/[userID]/R.sh

#!/bin/tcsh
#$ -S /bin/tcsh
/usr/local/bin/R CMD BATCH /home/[userID]/r_batch.R

qsub し、ジョブを投入します。 qsub /home/[userID]/R.sh
実行結果は R がホームディレクトリに [R コマンドを含むファイル名]out の名前で出力します。

ジョブを専有キューに投入したい

専有コアを持つユーザは、専有キューをご利用いただけます。qsub 時にオプションを指定せずにジョブを投入すると、SHIROKANE ではキューの使用状況に応じて mjobs.q、ljobs.q、lmem.q、専有キューのいずれかに投入されます。専有キューのみに投入する際には、以下ようにオプションを指定してジョブを投入する必要があり ます。 % qsub -q [専有キュー名] [シェルスクリプト名]
専有キューは実行時間の上限を設定しておりません。ljobs.q が混み合っている際に、上記の通り指定することで、専有キューで実行時間の長いジョブを実行することができます。
[専有キュー名] は、通常は、 [グループ名 + ".q"] です。 hgc0361 グループの場合は hgc0361.q になります。
ご自身のグループ名は、以下の id コマンドで表示されます。 % id -gn

qstat コマンド実行時にエラーが出力される

qstat コマンド実行時に以下のようなエラーが出力される % qstat -f
error: commlib error: got select error (Connection refused)
error: unable to send message to qmaster using port 6444 on host "c722i": got send error
%

保守作業や計算機の高負荷により Univa Grid Engine のマスターデーモンの切り替わりが発生している、もしくは障害によりマスターデーモンが停止しているためこのようなメッセージが表示されることがあります。
マスターデーモンは自動的に復帰しますのでしばらくお待ちください。通常 5 分程度で qstat コマンドが発行できるようになります。障害による停止の場合は、対応状況を以下のページに随時アップしております。こちらの Web ページからご確認ください。

自分の利用可能スロット数を知りたい

qfree コマンドで確認できます。申請利用コースの利用可能スロット数がキューごとに、 QUOTA LIMIT 列、その内の利用しているスロット数が [USER] JOBS 、[GROUP] JOBS 列に表示されます。
% qfree 
SUMMARY OF RUNNING JOBS

                 [USER] [GROUP] QUOTA      ALL                  
        QNAME     JOBS     JOBS  LIMIT     JOBS AVAIL STDBY  TOTAL
------------- ----------------- ------ ---------------------------
         cp.q        0        0      0        1    95     0     96
       intr.q        2        8      0      111    70     0    192
      ljobs.q        0        0      0      675    35    96   1488
       lmem.q        0        0      0       35    21     0     60
      mjobs.q        0        0      0     2089  1850   456   4992
mjobs_rerun.q        0        0      0       64  1262  1752   3024
        web.q        0        0      0        0    48     0     48
------------- ----------------- ------ ---------------------------
                     2        8      0     2975  3381  2304   9900

THE NUMBER OF RUNNING JOBS BY USER IN THE GROUP [GROUP]

        QNAME     userA     userB     userC     userD     userE
------------- --------------------------------------------------
         cp.q         0         0         0         0         0
       intr.q         3         2         1         1         1
      ljobs.q         0         0         0         0         0
       lmem.q         0         0         0         0         0
      mjobs.q         0         0         0         0         0
mjobs_rerun.q         0         0         0         0         0
        web.q         0         0         0         0         0
           qw         0         0         0         0         0
------------- --------------------------------------------------
各列の意味は、以下の通りです。
列名説明
[USER] JOBS [USER] ユーザが利用しているスロット数。 [USER] は、 qfree コマンドを実行したユーザ名が表示されます。
[GROUP] JOBS [GROUP] グループのユーザが利用しているスロット数。 [GROUP] は、 qfree コマンドを実行したユーザのグループが表示されます。
QUOTA LIMIT [GROUP] グループが利用できるスロット数の上限。0 の場合は、グループごとの制限はありません。 (TOTAL 列に表示されているスロット数まで利用できます)
ALL JOBS 全ユーザが実行しているジョブが利用しているスロット数
AVAIL 要求メモリ量を 2 GB としたときのジョブをすぐに実行できるスロット数
STDBY サスペンドや停止している計算ノードのスロット数。 (ジョブが少なく休止している計算ノード、障害のため停止してる計算ノードに設定されているスロット数。休止している計算ノードは、ジョブがサブミットされ、実行待ちのジョブが増えると自動的に起動します)
TOTAL キューごとのスロット数
引数にユーザ名、グループ名を指定すると、指定したユーザ、グループの情報を表示します。 % qfree [USER] % qfree [USER] [GROUP]
"-h" オプションを利用すると、ヘルプを表示します。 % qfree -h

利用方法一般でよくあるお問い合わせ

Java 実行時にエラーが発生する

2013 年 7 月 23 日に、Java のデフォルトオプションを指定する環境変数 JAVA_TOOL_OPTIONS を追加したため、シンプルな Java プログラムの実行時には、エラーは発生しません。 $ echo $JAVA_TOOL_OPTIONS
-XX:+UseSerialGC -Xmx64m -Xms32m

Java 起動時に最大ヒープサイズと初期ヒープサイズを指定しない場合、デフォルトで搭載物理メモリの 4 分の 1 のヒープサイズを確保しようとるため、シェルのメモリ制限 (デフォルトでは 5.3 G バイト) を超過し、エラーが発生します。

Java アプリケーションに合わせて、ヒープサイズを指定 (例: ${JAVA} -Xms2g -Xmx2g ) し、qlogin 時、qsub 時にシェルスクリプトのメモリ制限を変更 (例: qlogin -l s_vmem=3G -l mem_req=3G ) してください。Java の -XX:+UseSerialGC オプションも効果的です。
なお、メモリ制限と同等のヒープサイズを設定すると、ジョブ全体でメモリ制限値を超過することがありますので、メモリ制限値は、ヒープサイズよりも多めに指定してください。

アーカイブディスクへデータを移動したい

アーカイブディスクご利用のユーザは、以下のパスでアーカイブディスクにアクセスできます。
/archive/data/[グループ名]

アーカイブディスクの詳細は以下のページをご覧ください。

アーカイブディスク

パスワードを忘れてしまいました

パスワード変更申請により、パスワードを再発行することができます。申請される方はまずスパコンサポート係までメールでご連絡ください。サポート係から追って確認の連絡をさせていただきます。
こちらからの連絡がありしだい、利用申請書を使用し、申請理由「パスワード再発行」、利用者欄および研究責任者欄を記入し、スパコンサポート係まで郵送してください。パスワードは郵送にて送付しますので、申請から到着まで 3 〜 5 日程度かかることもあります。ご了承ください。

ヒトゲノム解析センターのスパコンサービスについて説明会はないのですか

過去、2つの学会でスパコンサービスの展示をいたしました。
今後も予定しておりますので、決まり次第こちらでアナウンスいたします。

過去の参加学会:
・日本バイオインフォマティクス学会 2010年 年会
・日本薬学会 第 131 年会 (中止)
・日本病理学会 第 100 回総会

講習会に参加できなかったので、後日資料をもらうことはできますか?

講習会にて使用した資料については、こちらのページにて公開しております。また、講習会の動画も公開しておりますので、ご確認ください。
(資料、動画の閲覧には、スパコンアカウントが必要です。)

スパコンシステム内でのパスワードなしログインしたい

以下のページをご覧ください。

スパコンシステム内でのパスワードなしログイン方法

スパコンにログインできない

スパコンに障害が発生しているとログインできない場合があります。障害情報については、こちらをご確認ください。

定期点検中の場合もあります。

スパコンの最新の情報 (障害情報など) はどこで案内されていますか?

こちらのページと Twitter の schgc で案内しております。

グループ内のユーザのユーザごとのディスク使用量を知りたいです

gu コマンドを実行することで、グループ内のユーザが使用しているディスク容量とファイル数をユーザごとに表示することができます。引数なしの場合は、コマンド実行時のグループの情報が表示されます。 特定のグループの情報を参照する場合は、引数にグループ名を指定ください。

コマンド実行時のグループの情報を見る場合
$ gu
test というグループの情報を見る場合
$ gu test ※所属していないグループの情報は表示できません。
以下を実行すると、オプションの一覧を参照できます。
$ gu --help
gu コマンドで表示される情報はファイルシステム全体の利用情報です。/home/username 以外のディレクトリにデータが格納されている場合、そのデータの容量、ファイル数も表示されます。

gu コマンドの詳細な利用方法は以下のページをご覧ください。

保存上限 (容量、ファイル数) の確認 (lfsq, gu)

ホームディレクトリが sshare1, 2, 3, 4 のどれにあるか知りたい

スパコン Wiki を見てください

SHIROKANE のホームディスクをどれだけ利用できるか知りたい

ログインし、lfsq コマンドを実行してください。-s は SHIROKANE の利用可能ディスク容量を表示するオプションです。

D3 コースを利用中で、sshare2 にホームディレクトリがある場合
$ lfsq -s -G
Disk quotas for group グループ名 (gid グループ ID):
Filesystem Gbytes quota limit grace Gfiles quota limit grace
  /sshare1      0     0     .     -      0     0     .     -
  /sshare2  x,xxx     0 3,072     -      x     0     3     -
  /sshare3      0     0     .     -      0     0     .     -
  /sshare4      0     0     .     -      0     0     .     -
  /yshare1      0     0     .     -      0     0     .     -
  /yshare2      0     0     .     -      0     0     .     -
  • D3 コースのため、SHIROKANE (sshare2) で 3 TB 利用できるように設定されています。
無料コースを利用中で、sshare4 にホームディレクトリがある場合
$ lfsq -s -G
Disk quotas for group グループ名 (gid グループ ID):
Filesystem Gbytes quota limit grace Gfiles quota limit grace
  /sshare1      0     0     .     -      0     0     .     -
  /sshare2      0     0     .     -      0     0     .     -
  /sshare3      0     0     .     -      0     0     .     -
  /sshare4      x     0   100     -      .     0     .     -
  • 無料コースは、SHIROKANE では、ホームディスクを 100 GB ご利用いただけます。

lfsq コマンドの詳細な利用方法は以下のページをご覧ください。

保存上限 (容量、ファイル数) の確認 (lfsq, gu)

自分のグループ名を知りたい

自分のグループ名を調べるには次のような方法があります。

スパコンにログインし、id コマンドを実行する
$ id
uid=1234(ikaken) gid=11234(hgc1234) 所属グループ=11234(hgc1234)

"gid=11234(hgc1234)" の "hgc1234" の部分がグループ名です。

アカウント申請書を見る
グループコースをご利用の場合、アカウント申請書にグループ名が記載されています。 アカウント申請書

利用認定書を見る
スパコンの利用開始時に郵送した利用認定書にグループ名が記載されています。 アカウント申請書

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