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スーパーコンピュータ

全体構成

2019 年 4 月から、スーパーコンピュータシステム Shirokane5 の運用を開始します。 Shirokane5 は、最新の Intel CPU を搭載した高速な処理性能を備えています。また、NVIDIA Tesla V100 を 80 基備えており、GPGPU による演算を可能としています。


システム構成

Shirokane5 全体構成

Shirokane5 性能

構成名ノード数Rpeak
(Tflops)
CPUOSCPU
コア数
メモリ
/node
GPU 数
/node
GPU Rpeak
/node
ディスク容量
計算ノード Thin3351,041Xeon Gold 6154 (3.0 GHz)CentOS12,060192 GB---
計算ノード Fat212.15Xeon Gold 6154 (3.0 GHz)CentOS1443.0 TB---
計算ノード GPU1041.2Xeon Gold 6126 (2.6 GHz)CentOS240192 GB87.8-
計算ノード Windows26.2Xeon Gold 6154 (3.0 GHz)Windows Server72192 GB---
Web サーバ26.2Xeon Gold 6126 (2.6 GHz)Red Hat Enterprise Linux4896 GB---
DB サーバ26.2Xeon Gold 6126 (2.6 GHz)Red Hat Enterprise Linux4896 GB---
オブジェクトストレージ--------2 PB

計算ノード Thin

18 CPU コアの Intel Xeon Gold 6156 2 基 (合計 36 CPU コア)、192 GB のメモリを搭載した計算ノード群です。計 335 ノードで構成されます。OS バージョンは CentOS バージョン 7 系です。

計算ノード Fat

1 ノードあたり 3 TB のメモリに 18 CPU コアの Intel Xeon Gold 6154 4 CPU (合計 72 CPU コア) を搭載した計算ノードです。

計算ノード GPU

GPGPU による演算を可能とした計算サーバ群で、1 ノードあたり NVIDIA Tesla V100 SXM2 を 8 基搭載します。計 10 ノードで構成されます。

計算ノード Windows

Windows 依存の解析ソフトを実行するための計算ノードです。

Web サーバ

Web サービスを提供するためのサーバです。

DB サーバ

DB サービスを提供するためのサーバです。

オブジェクトストレージ

シークエンスデータ共有サービスで提供する予定のデータ保存領域で使用する予定です。

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