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利用料金の詳細

スーパーコンピュータ

2017 年 10 月 30 日

Genomon2 Tutorial

2017 年 10 月 2 日
ヒトゲノム解析センター (HGC) スーパーコンピュータ (スパコン) SHIROKANE 利用者各位

この度「Genomon2 Tutorial」と題しまして、がんゲノム解析プラットフォーム Genomon2 の 講習会を開催します。

この講習会では、がんのゲノム・トランスクリプトーム解析に興味のある医学生物学系の研究者を対象に、がんの後天的変異・構造変異・融合遺伝子を検出する一般的原理、ゲノム解析の際に必要となる実践的なテクニックを紹介いたします。

また、ハンズオンセッションでは、実際に Genomon2 を利用したゲノム解析の流れを体験していただきます。その際に、ポイントとなるパラメータとそのチューニング方法、複数対照検体を利用して偽陽性を効果的に除く方法など、より実践に即した解析方法を説明し、ゲノム解析の深い理解に繋げることを目指します。

多くの方々の参加をお待ちしております。

日時: 2017 年 10 月 30 日 (月) 13 時 〜 16 時半
会場: 東京大学 医科学研究所 総合研究棟 8F マルチメディアセミナー室
講師: 白石友一、千葉健一 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
基礎的な分子生物学の知識があれば分かるよう話します。
本講習会は日本語で実施します。
ハンズオンセッションでは、実際にスーパーコンピュータにログインし、 Genomon2 を用いたゲノム解析を行っていただきます。
そのため基本的な Linux コマンド (mkdir, cp など)、Editor (emacs, vi) の簡単な操作についての知識は想定させていただきます。
Linux コマンドなどに不安のある方は、同日 10:00 〜 12:00 に同じ会場で Linux の基本操作の説明を含んだ 「SHIROKANE Tutorial」を開催しますので、受講していただくことをお勧めいたします。
本講習会は文部科学省ポスト「京」重点課題 (2) 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学文部科学省システム癌新次元 がんシステムの新次元俯瞰と攻略と共催です。

タイムスケジュール

13:00 - 14:30 がんゲノムシークエンス解析の原理と Genomon2 の紹介 (白石)
14:45 - 16:15 Genomon2 ハンズオンセッション (千葉・岡田・白石)
16:15 - Q & A

申込み方法

参加ご希望の方は、下記フォーマットに必要事項をご記入の上、10 月 27 日 (金) 17:00 までに support@hgc.jp 宛にメールを送付ください。

件名:【参加申し込み】Genomon2 Tutorial (10/30)

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「Genomon2 Tutorial」(10/30) に参加します。
* HGC スパコンのアカウント名:
* パソコンを持参するかどうか:
* ご要望:
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本講習会では、実習用パソコンの数に限りがありますので、参加者は先着順とさせていただきます。実習用パソコンの OS は Windows です。講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能です。

※ご自身のパソコンをご使用になる場合は、あらかじめ以下のソフトウェアをインストールしておいてください。

PuTTY や Tera Term などのなんらかの SSH クライアント (Mac と Linux は不要)
    http://yebisuya.dip.jp/Software/PuTTY/     http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/
Office がインストールされていない場合は、Excel ファイル (.xls) を閲覧するための Viewer
    https://www.microsoft.com/ja-jp/download/details.aspx?id=10
NX Client NoMachine
    https://www.nomachine.com/
     利用方法は、以下の Web ページにございます (閲覧にはスパコンのアカウントが必要)
    https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/id/234
ウイルスバスターや Sophos Anti-Virus などの Antivirus Software

皆様のご参加をお待ちしています。

医科学研究所 東京大学

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