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スーパーコンピュータ

2016 年 6 月 24 日

Genomon2 Tutorial 実践編

2016 年 6 月 3 日
ヒトゲノム解析センター (HGC) スーパーコンピュータ (スパコン) 利用者各位

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターでは、京都大学腫瘍生物学講座の小川誠司研究室と共同で、がんゲノム解析プラットフォーム、Genomon2 の開発を続けております。 この度 「Genomon2 Tutorial 実践編」 と題した講習会を開催します。

この講習会では、がんのゲノム・トランスクリプトーム解析に興味のある医学生物学系の研究者を対象に、がんの後天的変異・構造変異・融合遺伝子を検出する一般的原理、Genomon2 の利点・特徴について、特にゲノム解析の際に必要となる実践的な知識に重点を置きながら紹介いたします。

また、ハンズオンセッションをさらに充実させ、解析の際にポイントとなるパラメータとそのチューニング方法、複数対照検体を利用して偽陽性を効果的に除く方法など、より実践に即した解析方法を体験していただき、ゲノム解析の深い理解に繋げることを目指します。

多くの方々の参加をお待ちしております。

※ 本講習会は “文部科学省ポスト 「京」 重点課題 (2) 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学”、“文部科学省システム癌新次元 がんシステムの新次元俯瞰と攻略 “ と共催です。

日時: 2016 年 6 月 24 日 (金) 13 時 〜 17 時
会場: 東京大学 医科学研究所 総合研究棟 8F マルチメディアセミナー室
講師: 白石友一、千葉健一、岡田愛 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
基礎的な分子生物学の知識があれば分かるよう話します。
本講習会は日本語で実施します。
前半 (白石講師担当分) の内容の多くは 5 月に開催した 「Genomon2 Tutorial」 と内容が重複しますが、概要だけではなく、解析の際に必要となるテクニック等をさらに充実させて紹介する予定です。
ハンズオンセッションでは、実際にスーパーコンピュータにログインし、Genomon2 を用いたゲノム解析を行っていただきます。そのため基本的な Linux コマンド (mkdir, cp など)、Editor (emacs, vi) の簡単な操作についての知識は想定させていただきます。Linux コマンドなどに不安のある方は、同日 10:00 〜 12:00 に同じ会場で Linux の基本操作の説明を含んだ 「Shirokane3 Tutorial/Consulting」 を開催しますので、受講していただくことをお勧めいたします。
質問、議論を受け付けながら進行します。また最後に質問会として、Genomon2 の開発者数人が、様々な質問に対応させていただきます。

タイムスケジュール

13:00 – 14:30 がんゲノムシークエンス解析の原理と Genomon2 の紹介 (白石)
14:45 – 16:45 Genomon2 ハンズオンセッション (千葉・岡田・白石)
16:45 – Q & A

申込み方法

事前のお申し込みは、下記フォーマットに必要事項をご記入の上、6 月 23 日 (木) 17:00 までにメールにてお願いいたします。 本講習会では、実習用パソコンの数に限りがありますので、参加者は先着順とさせていただきます。

実習用パソコンの OS は Windows です。 講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能です。 ご自身のパソコンをご使用になる場合は、あらかじめ以下のソフトウェアをインストールしておいてください。

PuTTY や Tera Term などのなんらかの SSH クライアント (Mac と Linux は不要)
    http://yebisuya.dip.jp/Software/PuTTY/
    http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/
ウイルスバスターや Sophos Anti-Virus などの Antivirus Software

なお、本講習会についてご要望がございましたら、お申し込みの際にご記入をお願いいたします。

参加申し込み送り先メールアドレス: support@hgc.jp 件名: 【参加申し込み】Genomon2 Tutorial 実践編 (6/24)
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「Genomon2 Tutorial 実践編」 (6/24) に参加します。

* 氏名:
* 所属:
* メール:
* パソコン持込有無:
* 要望:
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