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スーパーコンピュータ

2016 年 5 月 24 日

Genomon2 Tutorial

2016 年 5 月 2 日
利用者各位

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターでは、京都大学腫瘍生物学講座の小川誠司研究室と共同で、がんゲノム解析プラットフォーム、Genomon の開発を続けています。この度、Genomon2 の一般公開に合わせ「Genomon2 Tutorial」と題した講習会を文部科学省ポスト「京」重点課題 (2) 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学文部科学省システム癌新次元 がんシステムの新次元俯瞰と攻略と共同で開催します。

本セミナーは、主にがんのゲノム・トランスクリプトーム解析に興味のある実験研究者、医学研究者を対象に、がんの後天的変異・構造変異・融合遺伝子を検出する一般的原理を解説し、このような解析における Genomon2 の特長を紹介します。また、第一線でがんゲノム解析研究に従事する 医学研究者をお招きし、最先端のがんゲノム研究を紹介していただきます。最後に、Genomon2 のインストール、実際のゲノムデータ解析を行うハンズオンセッションを行います。

当センターのスパコンシステムの利用者の他、Genomon2 の利用に興味がある方々の参加をお待ちしております。 また、 Genomon2 に限らずがんゲノム解析の原理や実際の研究例に興味のある方々の参加も受け付けます。

日時: 2016 年 5 月 24 日 (火) 13 時 〜 16 時
会場: 東京大学 医科学研究所 総合研究棟 8F マルチメディアセミナー室
講師: 白石友一、千葉健一 (東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター)
ゲスト講師:吉田健一 (京都大学医学系研究科腫瘍生物学講座)
基礎的な分子生物学の知識があれば分かるよう話します。
一部 (白石講師担当分の 50% ほど) は 1 月に開催した「バイオインフォマティクスを用いたがん研究の実際」 と内容が重複します。
本講習会は日本語で実施します。
一部のセッションだけの参加も歓迎いたします。ただし、ハンズオンセミナーへの参加の場合には、PC を用意する必要から、「ハンズオンセミナー参加希望」と記載してください。
ハンズオンセッションでは、Linux のコマンド (mkdir、cp など) の基本的知識、エディタ (emacs、vi コマンドなど) の操作についての知識があるものとしてお話します。
質問、議論を受け付けながら進行します。また最後に質問会として、HGC の Genomon2 の開発者が質問に対応します。

タイムスケジュール

13:00 - 14:20 がんゲノムシークエンス解析の原理と Genomon2 の紹介 (白石)
14:20 - 15:00 Genomon2 を利用したがんゲノム解析の実際 (吉田)
15:20 - 16:00 Genomon2 ハンズオンセミナー (千葉・白石)
16:00 - Q & A

申込み方法

事前のお申し込みは、下記フォーマットに必要事項をご記入の上、5 月 23 日 (月) 17:00 までにメールにてお願いいたします。本講習会では、実習用パソコンの数に限りがありますので、参加者は先着順とさせていただきます。

実習用パソコンの OS は Windows です。講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能です。この場合、講習会当日にネットワークセキュリティ誓約書にサインをいただく必要があります。この誓約書は、パソコンには、ウイルスバスターや Sophos Anti-Virus などの Antivirus Software がインストールされていること、HGC が定める使用禁止ソフトウェア (Winny などの著作権を侵害するおそれのあるソフトウェア) がインストールされていないことなどをお約束いただくものです。

また、ご自身のパソコンをご使用になる場合は、あらかじめ、講習会で使用する以下のソフトウェアをインストールしておいてください。

* PuTTY や Tera Term などのなんらかの SSH クライアント (Mac と Linux は不要)
http://yebisuya.dip.jp/Software/PuTTY/
http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/

なお、本講習会についてご要望がございましたら、お申し込みの際にご記入をお願いいたします。

参加申し込み送り先メール: support@hgc.jp

件名: 【参加申し込み】Genomon2 Tutorial
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「Genomon2 Tutorial」 (5/24) に参加します。

* 氏名:
* 所属:
* メール:
* パソコン持込有無:
* 要望:
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