2014 年 5 月 13 日

2014 年 4 月 14 日

ヒトゲノム解析センター
スーパーコンピューター室

この度「HGC 解析ツール講習会」と題しまして、
ヒトゲノム解析センター (HGC)で利用可能な Web サービスや
スパコンシステムを用いた解析ツールの紹介をいたします。

HGC 解析ツール講習会は、 4 月と 5 月に分け、 2 日間開催いたします。
1 回目のスケジュールはHGC 解析ツール講習会(1回目)に記載しております。
※ 1 回目の事前参加申し込みは、4 月 21 日 (月) 17:00 まで受付けております。
2 回目のスケジュールは以下のとおりです。広く皆様のご参加をお待ちしております。

日時	2014 年 5 月 13 日 (火) 13:00 - 15:40
会場	東京大学医科学研究所ゲノムセンター 4 階セミナー室
定員	35 名 (事前申込者を優先、空席があれば当日参加も可能)
参加費	無料

内容

2回目

時間	タイトル(詳細は後述しております)
13:00 -	がんエキソームシークエンスデータ解析パイプライン Genomon-exome の紹介
13:30 -	Transcriptome sequence data から融合遺伝子を抽出するプラットフォーム Genomon-fusion の紹介
14:00 -	発現モジュール抽出ソフトウェア EEM の紹介
14:30 -	(休憩)
14:40 -	大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN
15:10 - 15:40	転写制御領域の解析用データベースとツール DBTSS, DBTBS, & Melina2 と細胞内局在部位予測サーバ PSORT

詳細

がんエキソームシークエンスデータ解析パイプライン Genomon-exome の紹介
講師	千葉健一 (学術支援専門職員)
内容	エキソーム領域のシークエンスを行い、網羅的にエキソン領域の遺伝子変異を調べることは、シークエンス解析で標準的な解析となった。しかし、たくさんのサンプルをシークエンスすることによって出力されるデータは膨大であり、大規模な計算リソースを利用したシークエンスデータ解析の技術が、効率的に研究を進める上で重要になる。このような現状のなか、Genomon-exome では HGC スーパーコンピュータを用いた並列処理によるデータ解析の高速化を実現した。本講習では、Genomon-exome を用いてエキソームシークエンスデータのマッピングから、データ解析までの流れを実演で紹介する。
Transcriptome sequence data から融合遺伝子を抽出するプラットフォーム Genomon-fusion の紹介
講師	千葉健一 (学術支援専門職員)
内容	融合遺伝子は、がんの発病機序に大きな役割を果たしている。近年のハイスループットシークエンシング技術の発展により、網羅的に融合遺伝子を検出することが可能になりつつある。しかし、リピートや相同配列により生じる偽陽性が未だに多いことなどの数多くの問題があり、性能の良いアルゴリズムの開発は未だに重要な課題である。本講習では、融合遺伝子検出のための新しいプラットフォーム Genomon-fusion を紹介する。まず、本手法のアルゴリズムの概要を説明し、その上で、実際の FASTQ ファイルから融合遺伝子検出までの解析の流れを実演の形で紹介する。
発現モジュール抽出ソフトウェア EEM の紹介
講師	新井田厚司 (特任助教)
内容	EEM 法は遺伝子セット情報に基づいて発現データ中で共発現している遺伝子群、発現モジュールを抽出する手法である。公共データベースから取得したがん細胞のマイクロアレイ発現データおよび遺伝子セット情報を EEM web service にアップロードし、スパコン上で解析、結果を取得するまでの流れを紹介する。
大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN
講師	玉田嘉紀 (東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻助教)
内容	SiGN (サイン) は HGC のスーパーコンピュータを用いることにより、マイクロアレイなどで得られる遺伝子発現データから遺伝子間の発現の依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定することのできるソフトウェアである。SiGN にはさまざま遺伝子ネットワークモデルおよびその推定アルゴリズムが実装されているが、本講習ではベイジアンネットワークモデルを用いる SiGN-BN を利用して、その原理の紹介から実際のデータファイル準備からセルイラストレータオンライン等を用いた遺伝子ネットワーク解析までの流れを紹介する。
転写制御領域の解析用データベースとツール DBTSS, DBTBS, & Melina2 と細胞内局在部位予測サーバ PSORT
講師	中井謙太 (教授)
内容	一般に転写制御領域のイン・シリコ解析から有用な情報を得ることは容易でないことが多く、できる限り実験情報と組み合わせた方がよい。DBTSS には東大新領域の菅野・鈴木グループがいわゆる TSS-seq 実験によって得たヒトなどの遺伝子の転写開始点情報と付随情報が収められている。DBTBS は枯草菌の転写に関する情報を文献から収集したデータベースである。また、Melina 2 はいくつかの de novo 共通モチーフ抽出ツールを同時に走らせて、結果を比較検討するためのツールである。最後に、PSORT はタンパク質のアミノ酸配列情報をもとに、その細胞内局在部位を予測するためのプログラム群である。いずれも簡単な使い方を含めて紹介する。

本講習会開場に用意があるパソコンは、 MacBook です。
講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能ですが、
ネットワークセキュリティ誓約書にサインをいただく必要があります。

申込方法: 下記フォーマットにて、5 月 12 日 (月) 17:00 までにメールにてお申込みください。

E-mail: support@hgc.jp

件名: 「HGC 解析ツール講習会 (2 回目)」参加申し込み
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「HGC 解析ツール講習会 (2 回目)」に参加します。

氏名:
所属:
E-mail:
TEL:
ご要望:

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本講習会についてご要望がございましたら、ご記入をお願いいたします。

April 14, 2014
Dear All Users,

On May 13 (Thursday), we will be holding a workshop titled
"HGC Analysis tool workshop", in which we will introduce,
in omnibus format, the web services and analysis tool that can
be used at the Human Genome Center.
The workshop will be held in Japanese. If you are interested in
attending, please contact us at support@hgc.jp.

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