2014 年 4 月 22 日

2014 年 4 月 3 日

ヒトゲノム解析センター
スーパーコンピューター室

この度「HGC 解析ツール講習会」と題しまして、
ヒトゲノム解析センター (HGC)で利用可能な Web サービスや
スパコンシステムを用いた解析ツールの紹介をいたします。

HGC 解析ツール講習会は、 4 月と 5 月に分け、 2 日間開催いたします。
1 回目のスケジュールは以下のとおりです。広く皆様のご参加をお待ちしております。
2 回目は、改めましてご連絡いたします。

日時	2014 年 4 月 22 日 (火) 13:00 - 15:40
会場	東京大学医科学研究所ゲノムセンター 4 階セミナー室
定員	35 名 (事前申込者を優先、空席があれば当日参加も可能)
参加費	無料

内容

1回目

時間	タイトル(詳細は後述しております)
13:00 -	HGC スパコンサービスの紹介
13:30 -	Protein function annotation using the databases Hintdb, HitPredict, ef-Site and Coxpressdb
14:00 -	マウス初期胚転写データベース DBTMEE の紹介
14:30 -	(休憩)
14:40 -	生体内分子モデルの Graphical Simulation Software: Cell Illustrator
15:10 - 15:40	生命システム情報統合データベース KEGG の紹介

※13:30 から開始予定の講義タイトルが「Protein function annotation using the databases Hintdb, HitPredict, ef-Site and Coxpressdb」に変更となりました。

詳細

HGC スパコンサービスの紹介
講師	HGC システムエンジニア
内容	HGC のスーパーコンピュータシステムは、ゲノム分野では国内最大級の計算機システムで、各種サーバや高速大容量のディスクアレイ装置によって多様なゲノム研究環境を提供している。講習会では、HGC スーパーコンピュータシステムの概要、有償利用サービスの概要について紹介する。
Protein function annotation using the databases Hintdb, HitPredict, ef-Site and Coxpressdb
講師	Ashwini Patil (助教)
内容	Protein function annotation can be performed using multiple sources of information, of which protein-protein interactions form a significant part. With the availability of a large number of protein-protein interactions, it is imperative to assess their reliability prior to their use in further scientific studies. HitPredict is a database that provides quality-assessed interactions in 9 species. Interactions are assigned with a score based on the genomic evidence found in their support. Such evidence can be obtained in the form of homologous interactions across species. The database, Hintdb, provides such a list of homologous interactions for those already determined experimentally. Together, HitPredict and Hintdb provide a useful resource of protein-protein interactions and their properties. Protein function may also be identified through the study of gene expression patterns or protein structure. Coexpressdb is a database of coexpression relationships between genes for 11 species calculated using gene expression data from numerous microarray studies to help identify new gene functions. eF-site (electrostatic-surface of Functional site) is a database of functional sites on the molecular surfaces of protein structures. It displays the electrostatic potentials and hydrophobic properties on the protein surface in order to facilitate the identification of functionalsites in proteins.
マウス初期胚転写データベース DBTMEE の紹介
講師	朴 聖俊 (研究員)
内容	DBTMEEは既存研究の10倍以上のスケールのデータを元に構築された大規模トランスクリプトームデータベースであり、発生を開始するための転写プログラムのより詳細な解析を可能にするものである。講習会では、このような世界的に類のない規模で受精直後の転写産物解析がどのようにして行われたかについて、DBTMEEの使い方を含めて紹介する。
生体内分子モデルの Graphical Simulation Software: Cell Illustrator
講師	斉藤あゆむ (技術専門職員)
内容	Cell Illustrator Online (CIO) は、生体内パスウェイを描く機能とシミュレーションの機能が一体となっているソフトウェアです。開発当初から「生物系の研究室に所属する研究者が実験をするかたわら、パスウェイの情報を知識整理し、その知識整理したモデルをシミュレーションすることで次の実験に何をするかを決められる」ことを目標として開発してきました。 講習会では、CIO を用いて基本的な生体内反応のモデル化の方法を学習するとともに、サーカディアンなどの生体内パスウェイモデルのシミュレーションを行います。
生命システム情報統合データベース KEGG の紹介
講師	矢野亜津子 (Pathway Solutions)
内容	KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) は、分子レベルの情報から細胞、個体、エコシステムといった高次生命システムレベルの機能や有用性を理解するためのリソースである。とくにゲノムやメタゲノムをはじめとしたハイスループットデータの生物学的意味解釈に広く利用されている。講習会では KEGG の基本的な検索法とパスウェイマッピング等のツールの利用法、および医薬品・疾患関連の KEGG MEDICUS 利用法を紹介する。

本講習会開場に用意があるパソコンは、 MacBook です。
講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能ですが、
ネットワークセキュリティ誓約書にサインをいただく必要があります。

申込方法: 下記フォーマットにて、4月 21 日 (月) 17:00 までにメールにてお申込みください。

E-mail: support@hgc.jp

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「HGC 解析ツール講習会」に参加します。

氏名:
所属:
E-mail:
TEL:
ご要望:

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本講習会についてご要望がございましたら、ご記入をお願いいたします。

March 28, 2014
Dear All Users,

On April 22 (Thursday), we will be holding a workshop titled
"HGC Analysis tool workshop", in which we will introduce,
in omnibus format, the web services and analysis tool that can
be used at the Human Genome Center.
The workshop will be held in Japanese. If you are interested in
attending, please contact us at support@hgc.jp.

Supercomputing Services
Human Genome Center