スーパーコンピュータ

2019 年 9 月 3 日

2019 年 8 月 5 日
SHIROKANE 利用者各位

この度「遺伝子ネットワーク解析実習講習会」と題しまして、SHIROKANE で利用可能な遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN-BN の講義と実習を文部科学省ポスト「京」重点課題２ 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学、文部科学省システム癌新次元がんシステムの新次元俯瞰と攻略と共同で開催します。

講師は、京都大学 大学院医学研究科 玉田 嘉紀 特定准教授です。

日時: 2019 年 9 月 3 日 (火) 14 時 00 分 〜 17 時 00 分

場所: 東京大学 医科学研究所 総合研究棟 8 階 マルチメディアセミナー室

定員: 24 名

参加費: 無料

対象: Linux の基本コマンド（mkdir, cp, vi 等）の知識、操作経験がある方

本講習会は日本語で実施します

講義内容

SiGN-BN による遺伝子ネットワーク解析

講師: 京都大学 大学院医学研究科 玉田 嘉紀 特定准教授

SiGN-BN はベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰を組み合わせた遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアです。マイクロアレイや RNA-Seq などの遺伝子発現データから遺伝子間の発現の依存関係を表す遺伝子ネットワークを推定します。ベイジアンネットワークを用いた遺伝子ネットワーク推定は計算が膨大なため、スーパーコンピュータによる計算が必要になります。

本講習会では理論的な仕組みの紹介からスタートし、遺伝子ネットワークの大きさに応じた三つのネットワーク構造推定アルゴリズムを説明します。そして入力データの形式や SHIROKANE での実行方法、出力ファイル、推定された遺伝子ネットワークの解析法を、サンプルデータを用いた実習形式で解説します。

※SHIROKANE の計算ジョブの準備やその実行、および結果の解析には Linux のコマンドラインを用いた操作が必要です。そのため、基本的な Linux コマンド (mkdir, cp, vi 等) の知識がある方を前提とさせていただきます。

申し込み方法

参加は申込みのあった方を優先いたします。また申込み数が定員に達した場合、申込みの無い方の当日参加を席数の都合上、お断りする場合がございます。
2019 年 9 月 2 日 (月) 17:00 までに下記 URL のフォームからお申込みください。     https://forms.gle/tk1fYEcTFxyqcB8dA

講習の際は、Windows がインストールされた講習会用パソコンをご利用いただけます。ご自身のパソコンをご利用いただくことも可能です。
※ご自身のパソコンをご利用になる場合は、あらかじめ以下のソフトウェアのインストールをお願いいたします。

Tera Term や PuTTY 等の SSH クライアント (Mac と Linux は不要)

    http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/
    https://www.ranvis.com/putty.ja

SCP クライアント (WinSCP など)

    https://ja.osdn.net/projects/winscp/wiki/FrontPage

ネットワーク可視化プラットフォーム Cytoscape 3.7.1

    http://www.cytoscape.org/

統計分析ソフト R 3.6.1

    http://www.r-project.org/

皆様のご参加をお待ちしています。