2019 年 5 月 23 日

2019 年 4 月 23 日
ヒトゲノム解析センター (HGC) スーパーコンピュータ (スパコン) SHIROKANE 利用者各位

この度、「配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門」と題しまして、SHIROKANE を利用したバイオインフォマティクスの入門講習を文部科学省ポスト「京」重点課題２ 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学、文部科学省システム癌新次元 がんシステムの新次元俯瞰と攻略と共同で開催します。本講習会は HGC 講習会としては初めての講習会となります。 講師には、関西学院大学 理工学部生命医化学科 藤博幸 教授をお招きします。

日程: 2019 年 5 月 23 日 (木)

講義時間: 10 時 00 分 〜 15 時 00 分

会場: 東京大学医科学研究所 総合研究棟 8F マルチメディアセミナー室

定員: 24 名

対象: バイオインフォマティクスを学び始めた方、スパコンを使用し始めた方

参加費: 無料

本講習会は日本語で実施します。

本講習会の参加者には、講師 藤 博幸 編 『よくわかるバイオインフォマティクス入門』 を講習会の当日にお配りする予定です。

講習内容

「配列解析から学ぶバイオインフォマティクス入門」

講師 関西学院大学 理工学部生命医化学科 藤博幸教授

タイムスケジュール

    1. 10:00 - 11:00 「配列解析の基礎」
    2. 11:00 - 12:00 「相同タンパク質の解析 - blastp, mafft, PyMol の利用法 -」
        ---- 昼休憩 ----
    3. 13:00 - 14:00 「マルチドメインタンパク質の解析 - rpsblast の利用法 - 」
    4. 14:00 - 15:00 「blast のバッチジョブ実行演習」

講習内容
1. では、配列解析の基礎として、タンパク質を題材として、分子進化、相同、 種分化、オーソロガス、遺伝子重複、パラロガス、モチーフなどを学びます。 また、データベース検索やアライメントについても簡単に解説します。
2. では、リゾチームを問い合わせ配列として、blastp によるデータベース検索 を行い、mafft によるマルチプルアラインメントの構築とモチーフの同定と、 PyMol による立体構造上での表示を行います。
3. では、タンパク質リン酸化酵素のセットを問い合わせとして、rpsblast を 実施し、ドメイン構造の解析法とドメインシャフリングについて学びます。
4. では、1 〜 3 で実行したコマンドや処理をスクリプトに記述し、スパコン SHIROKANE でバッチジョブ実行する方法を学びます。 このパートのみ、 SHIROKANE のエンジニアが担当します。

申し込み方法

参加は申込みのある方を優先いたします。また申込み数が定員に達した場合、 申込みの無い方の当日参加を席数の都合上、お断りする場合がございます。

2019 年 5 月 22 日 (水) 17:00 までに申し込みフォームからお申込みください。

会場に用意します講習会用パソコンの OS は、 Windows です。 講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能です。
※ご自身のパソコンをご使用になる場合は、あらかじめ以下のソフトウェアのインストールをお願いいたします。

Tera Term や PuTTY 等の SSH クライアント (Mac と Linux は不要)

    http://sourceforge.jp/projects/ttssh2/
    https://www.ranvis.com/putty.ja

ウイルスバスターや Sophos Anti-Virus などの Antivirus Software

Xming 等の Windows 用 X サーバーソフト (Mac と Linux は不要)

​    https://ja.osdn.net/projects/sfnet_xming/

皆様のご参加をお待ちしています。