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利用料金の詳細

スーパーコンピュータ

2018 年 7 月 27 日

遺伝子ネットワーク解析実習講習会

2018 年 6 月 27 日
ヒトゲノム解析センター (HGC) スーパーコンピュータ (スパコン) SHIROKANE 利用者各位

この度「遺伝子ネットワーク解析実習講習会」と題しまして、HGC のスパコンで利用可能な遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN-BN の講義と実習を、文部科学省ポスト「京」重点課題 2 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学文部科学省システム癌新次元
がんシステムの新次元俯瞰と攻略
と共同で開催します。
講師は、京都大学 玉田 嘉紀 特定准教授です。

日時: 2018 年 7 月 27 日 (金) 14 時 00 分 〜 17 時 00 分
場所: 東京大学 医科学研究所 総合研究棟 8 階 マルチメディアセミナー室
定員: 25 名
参加費: 無料


なお、講習会では、SHIROKANE を使用した実習があります。 会場に用意してある端末のパソコンの OS は、 Windows です。 講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能です。

講義内容

SiGN-BN による遺伝子ネットワーク解析
(講師: 京都大学 玉田 嘉紀 特定准教授)

SiGN-BN はベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰を 組み合わせた遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアです. マイクロアレイなどの遺伝子発現データに対し HGC の SHIROKANE による計算を行うことにより、遺伝子間の発現の依存関係を表す 遺伝子ネットワークを推定することができます.

本講習会では理論的な仕組みの紹介からスタートし,遺伝子ネット ワークのサイズに応じた三つのネットワーク構造推定アルゴリズムを 紹介します.そして入力データの形式や SHIROKANE での 実行方法, 出力ファイル,推定された遺伝子ネットワークの解析法を,実際に SHIROKANE を操作し, サンプルデータを用いて解説します. 講習会中にスーパーコンピュータでの計算ジョブの実行を行い, 遺伝子ネットワークを推定します.

ジョブの作成と実行や解析には SHIROKANE にログインしコマンド ラインを用いた操作を必要とするため, ファイル操作やシェルの 使い方など Unix (Linux) の基本的な操作を理解していることが 望ましいですが, 受講にあたって必須ではありません.


申込方法


参加ご希望の方は下記フォーマットにて、7 月 25 日(水)17:00 までに support@hgc.jp 宛にメールにてお申し込みください。
お申込みは必須ではありませんが、申込みのある利用者を優先します。 また、申込数が定員となった場合、申込みの受付を終了する場合があります。


件名: 【参加申し込み】遺伝子ネットワーク解析実習講習会 7/27
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「遺伝子ネットワーク解析実習講習会」 (7 月 27 日) に参加します。
* HGC スパコンのアカウント名:
* パソコンを持参するかどうか:
* ご要望:
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皆様のご参加をお待ちしています。

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