2017 年 7 月 27 日

2017 年 6 月 26 日
ヒトゲノム解析センター (HGC) スーパーコンピュータ (スパコン) SHIROKANE 利用者各位

この度「遺伝子ネットワーク解析実習講習会」と題しまして、HGC のスパコンで利用可能な
遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN-BN の講義と実習を、文部科学省ポスト「京」重点課題 2 個別化・予防医療を支援する統合計算生命科学、文部科学省システム癌新次元
がんシステムの新次元俯瞰と攻略と共同で開催します。

講師は、東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター DNA 情報解析分野
玉田 嘉紀 特任講師です。

* 日時: 2017 年 7 月 27 日 (木) 13 時 30 分 〜 17 時 30 分
* 場所: 東京大学 医科学研究所 総合研究棟 8 階 マルチメディアセミナー室
* 定員: 30 名
* 参加費: 無料

なお、講習会では、SHIROKANE を使用した実習があります。
会場に用意してある端末のパソコンの OS は、 Windows です。
講習会にはご自身のパソコンをお持ちいただくことも可能です。

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講義内容
* SiGN-BN による遺伝子ネットワーク解析
(玉田 嘉紀 特任講師)

SiGN-BN はベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰を
組み合わせた遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアです．
マイクロアレイなどの遺伝子発現データに対し HGC の SHIROKANE
による計算を行うことにより、遺伝子間の発現の依存関係を表す
遺伝子ネットワークを推定することができます．

本講習会では理論的な仕組みの紹介からスタートし，
遺伝子ネットワークのサイズに応じた三つのネットワーク構造推定
アルゴリズムを紹介します．
そして入力データの形式や SHIROKANE での 実行方法，
出力ファイル，推定された遺伝子ネットワークの解析法を，
実際に SHIROKANE を操作し, サンプルデータを用いて解説します．
講習会中にスーパーコンピュータでの計算ジョブの実行を行い,
遺伝子ネットワークを推定します．

ジョブの作成と実行や解析には SHIROKANE にログインしコマンド
ラインを用いた操作を必要とするため, ファイル操作やシェルの
使い方など Unix (Linux) の基本的な操作を理解していることが
望ましいですが, 受講にあたって必須ではありません．

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参加ご希望の方は下記フォーマットにて、7 月 26 日 (水) 17:00 までに
support@hgc.jp 宛にメールにてお申し込みください。
事前申込者を優先しますが、空席があれば当日参加も可能です。

件名: 【参加申し込み】遺伝子ネットワーク解析実習講習会 7/27
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「遺伝子ネットワーク解析実習講習会」 (7 月 27 日) に参加します。

* HGC スパコンのアカウント名:
* パソコンを持参するかどうか:
* ご要望:
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皆様のご参加をお待ちしています。