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スーパーコンピュータ

計算ノード uv 利用法

uv は 2014 年 12 月に運用を終了しました。以下は古い情報です。

SGI UV 100 (以下 uv) は、Intel Xeon E7 8837 を 128 CPU コア (16 ソケット)、主記憶装置 2 T バイト搭載を搭載した分散共有メモリ型マシンです。このマシンは、ジョブの実行時間やメモリの使用に制限がないため利用可能なユーザはリソースの許す限り使用することができます。
オペレーティングシステムは、Shirokane2 共通で採用しています Linux カーネル 2.6 をベースとする 64 ビット対応の標準 Linux の Red Hat Enterprise Linux を 採用しています。

構成名機種名CPUMemory
共有メモリ型サーバSGI UV 100128 CPU cores (Intel Xeon E7 8837 2.66 GHz)2 TB

計算ノード uv を利用するには

uv を利用するには、計算機システム利用申請書の共通オプションで uv 追加を選択してください。

計算機システム利用申請書
  • Excel 形式 利用申請書

Shirokane1 、 Shirokane2 の両方のシステムから利用可能です。
また、下記のグループコースでシステムをご利用のユーザは、 uv 追加の手続きなく uv をご利用になれます。

ログイン方法

uv を利用するには、ログインノード (gw.hgc.jp, ngw.hgc.jp) にログイン後、再度 uv にログインする必要があります。ログインノードから uv を利用することはできません。


user's pc % ssh gw.hgc.jp -l username
Password:
gw.hgc.jp % ssh uv
Password:
uv %

ホームディレクトリおよびディスククォータは、通常の計算ノードと同一のため、データのコピーや改めてディスクの追加をする必要はありません。また、Shirokane1、 Shirokane2 の両方のホームディレクトリを参照しています。

OS 毎のログインノードへのログイン方法については、こちらを参照してください。

計算ノード uv 専用のジョブ管理システム

HTC_Bio

BLAST, BLAST+, FASTA 等の alignment tool に複数配列がまとめられたファイルを質問配列として指定した場合、一旦別々のファイルに配列ごとに分割しそれぞれの配列を指定した並列数で同時に計算を行い、指定したディレクトリに結果を出力します。


HTC_Bio version 4.0
-------------------

USAGE: HTC_Bio   -exec  

where the  are:

    -in_dir [.] -out_dir [in_dir.pid] -in_type [fasta] -cluster  -ncpu <# CPUs> [max] -verbose -collate -standalone -standalone_with_fasta_input

and the  are:

    BLAST:	-block [blocksize] -sort -phiblast -wublast -stdout
    FASTA:	-block [blocksize] -sort -db  -db_type [0] -ktup [protein=2;dna=6] -stdout
    CLUSTALW:	-noinfo
    HMMER:	-block [blocksize] -sort -db  -stdout
    WISE2:	-db  -sort -stdout
    STANDALONE:	-block [blocksize] -sort -stdout

Please see the README file for more information.

その他、Bowtie, SOAP, BWA, SOAP 等のマッピングソフトを並列で実行したい場合は pmap コマンドをご利用ください。 pMAP は、uv 固有のコマンドではありません。

dplace

uv は、 8 ノードで分散共有メモリ型マシンを構成しています。プロセスは負荷の低いノードの CPU にスケジュールされ CPU に物理的に近くにあるメモリが割り当てられます。この場合、ローカルノードのメモリを参照しますが、その後、負荷の高いノードから低いノードにプロセスが移動した場合、リモートノードのメモリを参照することになります。リモートアクセスは、プロセスのパフォーマンスが低下する可能性が高くなります。dplace コマンドは、プロセスの移動を特定の CPU にバインドするために使用します。これにより、近くのメモリを参照する割合が多くなりパフォーマンスの向上します。

dplace の後に続けてコマンドを入力します。


uv % dplace bash
dplace が捕捉して 0 番の CPU にバインドしていることがわかります。

uv % dplace -qqq
-------------------- Active Dplace Jobs -------------
key          tasks   owner                       pid     cpu    name
0x000003f5       1   sgiadm                    62640       0    bash
uv %

cpumap

実行例

uv % cpumap
uv

This an SGI UV
model name           : Intel(R) Xeon(R) CPU E7- 8837 @ 2.67GHz
Architecture         : x86_64
cpu MHz              : 2666.863
cache size           : 24576 KB (Last Level)

Total Number of Sockets             	: 16
Total Number of Cores               	: 128	(8 per socket)
Hyperthreading                      	: OFF

UV Information
 HUB Version: 				 UVHub  2.0
 Number of Hubs: 			 8
 Number of connected NUMAlink ports: 	 0
=============================================================================

Hub-Processor Mapping

  Hub Location      Processor Numbers -- HyperThreads in ()
  --- ----------    ---------------------------------------
    0 r001i21b00       0    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14   15
    1 r001i21b01      16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31
    2 r001i24b00      32   33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47
    3 r001i24b01      48   49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63
    4 r001i27b00      64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79
    5 r001i27b01      80   81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95
    6 r001i30b00      96   97   98   99  100  101  102  103  104  105  106  107  108  109  110  111
    7 r001i30b01     112  113  114  115  116  117  118  119  120  121  122  123  124  125  126  127

=============================================================================

Processor Numbering on Socket(s)

  Socket    (Logical) Processors
  ------    -------------------------
     0      0    1    2    3    4    5    6    7
     1      8    9   10   11   12   13   14   15
     2     16   17   18   19   20   21   22   23
     3     24   25   26   27   28   29   30   31
     4     32   33   34   35   36   37   38   39
     5     40   41   42   43   44   45   46   47
     6     48   49   50   51   52   53   54   55
     7     56   57   58   59   60   61   62   63
     8     64   65   66   67   68   69   70   71
     9     72   73   74   75   76   77   78   79
    10     80   81   82   83   84   85   86   87
    11     88   89   90   91   92   93   94   95
    12     96   97   98   99  100  101  102  103
    13    104  105  106  107  108  109  110  111
    14    112  113  114  115  116  117  118  119
    15    120  121  122  123  124  125  126  127

=============================================================================

Sharing of Last Level (3) Caches

  Socket    (Logical) Processors
  ------    -------------------------
     0      0    1    2    3    4    5    6    7
     1      8    9   10   11   12   13   14   15
     2     16   17   18   19   20   21   22   23
     3     24   25   26   27   28   29   30   31
     4     32   33   34   35   36   37   38   39
     5     40   41   42   43   44   45   46   47
     6     48   49   50   51   52   53   54   55
     7     56   57   58   59   60   61   62   63
     8     64   65   66   67   68   69   70   71
     9     72   73   74   75   76   77   78   79
    10     80   81   82   83   84   85   86   87
    11     88   89   90   91   92   93   94   95
    12     96   97   98   99  100  101  102  103
    13    104  105  106  107  108  109  110  111
    14    112  113  114  115  116  117  118  119
    15    120  121  122  123  124  125  126  127

Java を実行時のオプション

-XX:ParallelGCThreads=1: out of memory と表示され実行できない時に指定する

java は実行時にマシンに搭載されている CPU Core 数の GC スレッドを起動します。その為、その分のメモリが確保できず、out of memory 等のメッセージを出力し PC 等で実行できるプログラムも uv のように CPU Core 数が多いマシンでは実行できない場合があります。このオプションを使うことで問題を解消される可能性があります。

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